电泳实验中的坑？看完这篇你就懂了！

一、DNA电泳常见问题分析

可能原因1  DNA降解

解决方法  避免核酸酶污染

可能原因2 电泳缓冲液陈旧

解决方法   电泳缓冲液多次使用后，离子强度降低，pH值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果。建议经常更换电泳缓冲液

可能原因3 所用电泳条件不合适

解决方法   电泳时电压不应超过20V/cm，温度＜30℃；巨大DNA链电泳，温度应＜15℃；核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力

可能原因4 DNA上样量过多

解决方法   减少凝胶中DNA上样量

可能原因5 DNA样含盐过高

解决方法   电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐

可能原因6 有蛋白污染

解决方法   电泳前酚抽提去除蛋白

可能原因7 DNA变性

解决方法   电泳前勿加热，用20mM NaCl缓冲液稀释DNA

可能原因1 对于λ/Hind III片段cos位点复性

解决方法   电泳前于65℃加热DNA 5分钟，然后在冰上冷却5分钟

可能原因2 电泳条件不合适

解决方法   电泳电压不超过20V/cm；温度＜30℃；经常更换电泳缓冲液

可能原因3 DNA变性

解决方法   以20mM NaCl Buffer稀释DNA，电泳前勿加热

可能原因1  DNA的上样量不够

解决方法   增加DNA的上样量；聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳灵敏度稍高，上样量可适当降低

可能原因2 DNA降解

解决方法   避免DNA的核酸酶污染

可能原因3 DNA走出凝胶

解决方法   缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度

可能原因4 对于EB染色的DNA，所用光源不合适

解决方法   应用短波长（254nm）的紫外光源

可能原因1 小DNA带走出凝胶

解决方法   缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度

可能原因2 分子大小相近的DNA带不易分辨

解决方法   增加电泳时间，核准正确的凝胶浓度

可能原因3 DNA变性

解决方法   电泳前请勿高温加热DNA链，以20mM NaCl Buffer稀释DNA

可能原因4 DNA链巨大，常规凝胶电泳不合适

解决方法   在脉冲凝胶电泳上分析

二、SDS-PAGE凝胶电泳和Western转移常见问题

可能原因 电泳缓冲液稀，或使用次数过多

解决方法 更换新鲜1×缓冲液

可能原因 电泳缓冲液稀，或使用次数过多

解决方法 更换新鲜1×缓冲液

可能原因1 样品部分变性

解决方法   完全变性蛋白质

可能原因2 样品部分降解

解决方法   优化蛋白质提取过程，如采用低温，加入蛋白酶抑制剂等

可能原因1 样品中阳离子含量过高

解决方法   通过透析、凝胶过滤等方法去除阳离子干扰

可能原因2 样品中含污染物，如：DNA、多糖、脂类等

解决方法   优化提取方法，如提取缓冲液配比，离心，过滤等

可能原因3 样品沉淀

解决方法   通过加热样品或增加SDS浓度促进样品溶解或离心除去蛋白质沉淀

可能原因4 上样量过高

解决方法   减少上样量

可能原因5 制备凝胶

解决方法   配置凝胶液时要混匀；灌胶要连续

可能原因1 各泳道间蛋白质含量差异过大，导致电场不均匀

解决方法   测定蛋白质含水量，使样品间蛋白质含量一致

可能原因2 上样量过大，导致不完全堆积

解决方法   使用适当上样量，如样量过稀，采用冷冻干燥或超滤方法浓缩

可能原因3 凝胶表面或分离胶表面不平；聚合不完全

解决方法   检查药品是否过期，制备凝胶时使凝胶表面平整